Capítulos

1. Johnny Cage
2. Sonya Blade
3. Scorpion
4. Cyrax
5. Liu Kang
6. Jax Briggs
7. Smoke
8. Sub-Zero
9. Kitana
10. Jade
11. Kung Lao (na última luta você joga como Liu Kang)
12. Kurtis Stryker
13. Kabal
14. Cyber Sub-Zero
15. Nightwolf
16. Raiden

17. Personagens confirmados

    O jogo tem 28 personagens jogáveis para usuários do Playstation 3, e 27 para usuários de Xbox 360, com um número desconhecido de personagens baixáveis (DLC), 3 chefes não-jogáveis, e personagens secretos. Cyber Sub-Zero é liberado após completar o capítulo 13 do Story Mode e Quan Chi após completar o mesmo Story Mode com 100%.

    1. Baraka
    2. Cyber Sub-Zero
    3. Cyrax
    4. Ermac
    5. Jade
    6. Jax
    7. Johnny Cage
    8. Kabal
    9. Kano
    10. Kitana
    11. Kratos (exclusivo para o Playstation 3)
    12. Kung Lao
    13. Kurtis Stryker
    14. Liu Kang
    15. Mileena
    16. Nightwolf
    17. Noob Saibot
    18. Quan Chi
    19. Raiden
    20. Reptile
    21. Scorpion
    22. Sektor
    23. Shang Tsung
    24. Sheeva
    25. Sindel
    26. Smoke
    27. Sonya Blade
    28. Sub-Zero

    Os seguintes personagens são chefes e não jogáveis

    1. Goro (jogável na Torre de Desafios)
    2. Kintaro
    3. Shao Kahn

    Quando algum critério é encontrado, os seguintes persoagens aparecem em batalhas secretas no modo Arcade:

    1. Reptile de MK1
    2. Smoke de MK2
    3. Jade de MK2
    4. Noob Saibot de MK2

    Os seguintes foram confirmados como DLC:

    1. Kenshi
    2. Skarlet - uma suposta ninja vermelha de Mortal Kombat II. Agora ela aparece pela primeira vez como personagem de carne e osso.
    3. Rain
    4. Freddy Krueger - confirmado em 21 de julho de 2011

    • Em 10 de Janeiro de 2011, Ed Boon escreveu em seu Twitter perguntando aos fãs quais personagens eles gostariam como DLC: "Seriously guys. Tell me your order of preference for a DLC character.Rain, Shinnok, Kenshi, Robo-smoke, or new character?" "Ooops...forgot one. Or Tanya. " ("Sério, caras. Digam qual a sua preferência para DLC. Rain, Shinnok, Kenshi, Robo-smoke ou personagem novo?" "Ooops... esqueci uma. Ou Tanya?")

    Cameos

    • Kira, Tanya, Kitana, a "Lady in Red" e Li Mei aparecem presas em Shao Kahn's Arena.
    • Kenshi, Reiko , Frost e Daegon lutam no fundo da arena The Pit II.
    • Shang Tsung aparece em seu trono.
    • Rain, Shinnok, um Shadow Priest, um personagem masculino desconhecido e ás vezes o Clássico Noob Saibot observam Meat na arena The Cathedral.
    • Goro em seu trono.
    • Shao Kahn em seu trono.
    • Shang Tsung (Mais velho) em seu trono.
    • Shadow Priest na Soul Chamber.
    • Uma estátua de pedra quebrada da cabeça e da mão de Sindel pode ser vista na arena Jade's Desert.
    • As estátuas de Goro, Baraka, Kano, Rain and Reiko podem ser vistas na arena Shang Tsung's Gardens.
    • Motaro, Khameleon, Classic Smoke e Shinnok aparecem em várias cenas pela história, mais não aparecem como oponentes ou personagens jogáveis.
    • Classic Smoke ás vezes surge atrás das árvores em Living Forest.
    • A versão original de Cyrax ainda pode ser vista presa na areia da arena Jade's Desert.
    • Bo' Rai Cho, Kenshi, Liu Kang Zumbi, Hotaru, Li Mei, e as mãos gigantes de Shinnok aparecem no início do Story Mode.
    • Onaga e Taven aparecem quando Raiden manda uma mensagem para ele mesmo no passado.
    • Dois Masked Guards aparecem em The Courtyard.
    • Kenshi e Reiko ganharam seus nomes após o Sub-Zero mais jovem ter sido capturado pelos Lin Kuei.
    • O nome de Bo' Rai Cho foi mencionado durante o Story Mode.
    • O Grandmaster Lin Kuei é morto por seu filho no final de Sektor.

    Arenas confirmadas

    1. A Armaria
    2. Torre do Sino
    3. Templo
    4. Pátio (dia e noite)
    5. Piscina da Morte (Death Trap)
    6. Monastério do Mal
    7. Covil de Goro
    8. Cemitério
    9. Coliseu de Kahn
    10. Chamber of the Flame (Exclusiva para Playstation 3) (3 (Death Trap)s)
    11. Floresta Viva (Death Trap)
    12. Deserto
    13. Inferno (Death Trap)
    14. Fosso (Death Trap) (dia e noite)
    15. Fosso (Fundo)
    16. Telhado (amanhecer, dia e noite)
    17. Jardins de Shang Tsung (entre Pit I, Palace Gates e Warrior Shrine) (dia e noite)
    18. Fosso de Carne
    19. Sala do Trono de Shao Kahn
    20. Câmara das Almas
    21. Ruas (Death Trap)
    22. Metrô (Death Trap)
    23. Sala do Trono de Shang Tsung
    24. Torre dos Desafios
    25. Terras Desoladas

    Mortes em MK9 (Contém Spoilers)

    Guerreiros de Earthrealm

    • Bi-Han (o Sub-Zero Original): Como na história original, Sub-Zero é morto por Scorpion, por este pensar que Sub-Zero matou todos do clã Shirai-Ryu e sua família, ele o queima até só sobrar o crânio e parte da medula espinhal (mas depois ele é ressucitado por Quan Chi e se torna Noob Saibot).
    • Kung Lao: Quando Liu Kang se preocupa em resgatar Kitana, que vai ser executada, Raiden manda Kung Lao para a batalha, ele luta contra Shag Tsung e Quan Chi, depois com o mais novo campeão, Kintaro, mas quando ele o derrota, Shao Kahn covardemente o mata, quebrando-lhe o pescoço.
    • Kabal: No rápido ataque de Sindel, ela o derruba e pisa no respirador de Kabal, fazendo com que ele morra sem ár, já que seus pulmões estão inutilizáveis.
    • Stryker: Sindel quebra sua perna direita com um pisão e dá um soco no rosto dele, que curiosamente o mata.
    • Cyber Sub-Zero: Sub-Zero depois de ter sido transformado em robô. Sindel dá um soco, um soco por cima e outro soco, só que no tórax dele, destruindo seus sistemas/coração.
    • Jax: Sindel segura os dois braços biônicos de Jax e dá um chute na garganta dele, que com a ponta do salto alto, fura sua garganta.
    • Smoke: Bem rapidamente, Sindel dá um chute nas "partes" de Smoke, ele cai de costas para ela e Sindel torçe seu percoço.
    • Jade: Sindel dá dois socos nela e depois arranca um órgão seu, que parece ser seu fígado.
    • Nightwolf: Numa última tentativa de matar Sindel, Nightwolf usa um ataque suicida em que ele destrói totalmente seu corpo junto com o dela.
    • Kitana: Com o pouco de vida que ainda lhe restou depois de Sindel sugar toda sua energia em uma bola roxa, ela ainda consegue falar com Liu Kang.
    • Liu Kang: Após a morte de quase todos, Liu Kang acha que Raiden enlouqueceu, e com Raiden dizendo que para eles vencerem devem deixar Shao Kahn vencer, Liu Kang o ataca, e o deus do trovão, como forma de se "defender", sem querer mata Liu Kang

    Guerreiros de Outworld

    • Shao Kahn: Ao matar Kung Lao, ele desperta a fúria de Liu Kang, melhor amigo do mesmo, Liu Kang derrota Shao Kahn e o mata, atravessando seu corpo com um soco (Quan Chi acelerou a recuperação de seu mestre, tendo este vivido, mas ficou morto por pouco tempo).
    • Motaro: Mesmo não aparecendo oficialmente na história, durante o capítulo de Stryker, aparece Raiden usando seu Thunder Fly nele, quebrando uma ponte, depois alguns guerreiros de Outworld trazem Motaro, morto, para Shao Kahn.
    • Shang Tsung: Querendo dar poder o suficiente para Sindel matar os guerreiros de Earthrealm, Shao Kahn absorve os poderes e a alma de Shang Tsung, e transfere para ela.
    • Noob Saibot: Depois de Nightwolf ter derrotado Quan Chi, depois de este ter feito o Soulnado, Noob ataca Nightwolf, que o joga no Soulnado, fazendo com que Noob "dilua", e destruindo o Soulnado com sua alma manchada.
    • Shao Kahn (de novo): Shao Kahn é derrotado por Raiden com a ajuda dos Elder Gods, ele é devorado por dragões, representações dos mesmos.